На территории государственного природного заповедника «Большая Кокшага» запрещается любая деятельность, противоречащая режиму особой охраны его территории, установленному в Положении.

Задача по обеспечению контроля соблюдения режима охраны возложена на специальный отдел — инспекцию по охране заповедника.

Охрана территории — непростая задача, и решается она коллективом отдела охраны, состоящим из государственных инспекторов. Работа сложная, требует смелости, принципиальности, настойчивости. Зачастую нарушителям приходится разъяснять недопустимость их действий, сталкиваться с непониманием необходимости строгого режима заповедника. Служба охраны ведет разъяснительную работу с местным населением, готовит публикации в средства массовой информации.

Для более эффективной и оперативной работы инспекции территория заповедника разделена на два участка — северный и южный, в пределах которых ведется рейдовая и патрульная работа. На территории заповедника во всех узловых точках имеются служебные помещения (кордоны), это деревянные дома с дровяником и баней. Вся территория заповедника аншлагирована.

Для успешной работы по охране заповедника ежегодно повышается уровень материально-техническогообеспечения. Приобретается транспорт повышенной проходимости, обновляются радиостанции, так как надежная радиосвязь дает положительный результат в работе отдела охраны.