Тебердинский заповедник был учрежден в 1935 году, а в 1936 году получил статус государственного заповедника. В первые годы он не полностью соответствовал этому статусу, так как допускался выпас скота, и курортное развитие также оказывало влияние на экосистему. С середины XX века его деятельность начала ориентироваться на акклиматизацию видов и сохранение биоразнообразия, были завезены такие виды, как алтайская белка, енотовидная собака и пятнистый олень
С 1950-х годов, несмотря на ограничения, массовый туризм стал развиваться в заповеднике
1980-м годам достигнув сотен тысяч посещений. Это усилило негативное воздействие на природу, что привело к созданию новых норм посещения и запрету на массовый туризм.
1981 году было принято положение, ограничивающее туризм в заповедниках, однако для Теберды, ввиду исторически сложившихся условий, сделали исключение
С распадом СССР поток туристов снизился, что вызвало кризис, заставивший заповедник искать новые источники дохода. В конце 1990-х годов, с целью восстановления экотуризма, был создан отдел экологического просвещения
в 2000 году была утверждена программа развития экотуризма. Эта программа стала первой в России среди охраняемых природных территорий и получила поддержку на уровне местного правительства.
Сегодня Тебердинский заповедник активно развивает экологический туризм на основе устойчивых практик, участвует в международных программах и привлекает волонтеров.
