Штат отдела охраны Тебердинского заповедника укомплектован и составляет 75 человек. Из них: 15 человек — охрана заказника федерального значения «Даутский»; 6 человек дежурных КПП. 8 человек – оперативная группа, остальные входят в состав пяти участковых лесничеств – Тебердинского, Джамагатского, Гоначхирского, Домбайского и Кизгичского.
Охрана заповедника осуществляется комбинированным методом. Вся территория Тебердинского заповедника разделена на обходы, за которыми закреплены определенные государственные инспектора в сфере охраны окружающей среды. Кроме этого, охрана высокогорий, а также наиболее уязвимых участков осуществляется двумя оперативными группами.
На территории заповедника расположено 13 кордонов. 6 кордонов расположены вдоль северной границы заповедника с сопредельной территорией, 4 находятся в туристическом районе Домбая и вблизи отчужденных из состава заповедника территорий с находящимися там базами отдыха и альплагерем и 3 кордона построены вдоль федеральной автодороги А155 “Черкесск Домбай”.
Кроме этого большую помощь в охране территории оказывают пограничные заставы ПУ ФСБ России. В последе время между администрацией Тебердинского заповедника и пограничным управлением ФСБ России по КЧР достигнуто полное взаимопонимание. Регулярно проводятся рабочие встречи между руководством заповедника и пограничным управлением ФСБ РФ по КЧР. Осуществляется обмен информацией, представляющей взаимный интерес. Согласовываются планы совместных действий в соответствии с обстановкой.