Во второй половине XIX столетия верховья Тебердинской долины посещает ряд ученых – так в 1878 г. известный ставропольский натуралист Н.Я. Динник описывает флору, фауну и ледники этого района. Он посетил и описал ледники Софруджу, Домбай-Ульгена, Бу-Ульгена, Северного Клухора, Алибека и указал на их интенсивное отступление. В 1896-1897 гг геоморфологическое изучение района провел Н.Н. Щукин и Н.А. Буш, который первым ставит метки у края ледников, чтобы определить интенсивность их отступления. Через 10 лет Н.А. Буш посетил этот район и пришел к выводу, что они находятся в стационарном состоянии. Н.А. Буш писал: «Первый левый приток Уллу-Муруджу вытекает, по словам нашего главного проводника Ахии Семенова, из озера, а не из ледника, как это показано на карте». От Н.А. Буша мы также узнаем о готовности Военно-Сухумской дороги для проезда верхом. В 1897 году по долине реки Теберды путешествовал известный исследователь Кавказа А.Н. Дьячков-Тарасов. А.К. Фон-Мекк известный альпинист, много путешествовал в Швейцарских Альпах, находил, что по красоте своей Клухорский перевал может поспорить с самыми знаменитыми альпийскими перевалами. Участники экспедиции Русского географического общества дали высокую оценку уникальности природного комплекса и указали на необходимость принятия мер по его сохранности. В 1914 году ученые и общественность предлагали создать в верховьях Тебердинской долины заповедник. Эта идея была осуществлена 23 января 1935 года, когда решением Карачаевского облисполкома был организован заповедник местного значения и уже 5 марта 1936 года учитывая всесоюзное значение Теберды Постановлением №40 ВЦИК Совета народных комиссаров РСФСР вынесено решение об образовании Тебердинского высокогорного акклиматизационного государственного полного заповедника. Этим постановлением воспрещается на всей территории заповедника эксплуатация леса, охота и рыбная ловля, но допускалось пользование пастбищами и курортное развитие территории.

Первыми руководителями заповедника стали Вейцман Хайм Самуилович, который погиб во время Великой Отечественной войны и Герцик Владимир Казимирович.

Первые годы заповедник не отвечал статусу «полный». На горных лугах заповедника в летнее время выпасался скот, через заповедные леса проходили скотогонные тропы. После проверки территории заповедника в начале сентября 1936 года консультант Комитета по заповедникам В. П. Протопопов в докладе представителю Комитета высказал сомнение в правильности названия заповедника «полный», ибо «полнота» его искажалась развивающейся деятельностью и режимом курортных, туристических и хозяйственных организаций.

Не укладывался Тебердинский заповедник и в типовые профили заповедания природы, он усложнялся курортологическими требованиями и широко развитым, в нем туристическим движением. «Все вместе взятое,— читаем мы в докладе В. П. Протопопова,—создает особый тип заповедника, над которым еще недостаточно, по моему мнению, поработал Комитет. Главная трудность заключается в том, что курортное строительство и туристическое движение развивалось и упрочилось до объявления этих мест заповедными. Этот особый тип заповедника требует особого внимания и особых забот Комитета».

Уже тогда, в 1936 году, В. П. Протопопов отметил, что «особой опасности по разрушению природных ресурсов в настоящее время подвергается Домбайская долина. Эта долина настолько перегружена постоянными и сезонными туристскими базами и лагерями, что происходит загрязнение не только долины, но и ледников. Все это повело к расстройству ресурсов природы и к недопустимому обращению с ее красотами». В результате заповеднику было предложено выработать свой профиль, исходя из учета всей его сложной обстановки и в то же время не отказываясь от тех задач, которые поставлены перед ним ВЦИК и СНК РСФСР при его утверждении.

В разработанном Положении Тебердинскому заповеднику предлагалось сосредоточить внимание на сохранении и восстановлении лесных массивов Теберды, на охране существующих и создании новых биоценозов на основе широких акклиматизационных возможностей Теберды. К числу важнейших задач относилось развитие плодового садоводства в высокогорной зоне, создание благоприятных условий для развития курорта «Теберда», туризма и интуризма.

Результатом первых акклиматизационных работ стал завоз в 1936-1938 годах алтайской белки, енотовидной собаки, пятнистого оленя, а также ряда растений и в первую очередь женьшеня. Параллельно много делалось для развития горного садоводства, продвижения ряда кормовых растений и кормовых культур в горы.

Научные исследования, которые с самого начала проводились на высоком уровне, посвящались изучению кормовой ценности горных лугов, улучшению и рациональному их использованию. В этот же период в заповеднике были начаты флористические и фаунистические исследования.

В 1943 году выселение карачаевцев разрушило традиционное горное хозяйство. Впоследствии оно на территории заповедника уже не восстановилось, выпас скота прекратился. В связи с изменением границ в январе 1944 года заповедник был передан в подчинение Управления по заповедникам Грузинской ССР.

1945-1955 годы как и вся страна, заповедник переживал трудные годы восстановления разрушенного войной хозяйства. Положение осложнялось переводом заповедника из одной системы в другую.

В 1951 году он был подчинен Главному управлению по заповедникам при Совете Министров СССР. С 1953 по 1955 годы заповедник находился в подчинении Министерства сельского хозяйства СССР. С 29 ноября 1955 года перешел в ведение Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР и находился в его подчинении до 1988года.

Реорганизация и частичная ликвидация заповедников в стране в 1961 году не коснулась Тебердинского заповедника, он уцелел благодаря активной поддержки широкой общественности и ведущих ученых страны. Надо принимать во внимание то, что некоторые заповедники в СССР создавались, а затем и сохраняли свой статус во многом потому, что эти природные территории имели известность и были привлекательны для посетителей самых разных категорий, от простых советских граждан до первых лиц партийного руководства страны. Так покровителем Тебердинского заповедника был Алексей Николаевич Косыгин Председатель Совета Министров СССР. Писатели Николай Тихонов и Константин Симонов, популярные барды Высоцкий и Визбор, академики Сахаров и Александров, пианист Святослав Рихтер, киноартист Евгений Леонов, космонавты и многие другие представители научной и творческой элиты избрали Тебердинский заповедник местом своего летнего и зимнего отдыха.

Туризм за время существования заповедника прошел 3 этапа: неограниченного развития, ограничения и упорядочения, и современный этап устойчивого развития. Хотя положение о заповеднике 1969 года предусматривало лишь познавательный туризм, он развивался как массовый. Об этом, прежде всего говорят цифры: в 1949 году территорию заповедника посетило около 7000 человек, в 1952 – 15 с лишним тысяч, в 1962 эта цифра достигла 80000, а в 1973 – 300000 и продолжала расти. К 1980 – 85-м годам число туристов, проходящих через Теберду и Домбай, достигло 700000 человек в год. Таким образом, к началу 70-х годов туризм стал массовым. Туристские маршруты проходили по всем основным ущельям заповедника. Отрицательное влияние туризма стало ощущаться на экосистеме заповедника. Поэтому с 1975 года руководство заповедника и Карачаево-Черкесский облисполком решили оградить большую часть заповедника от антропогенного влияния и локализовать туризм в Домбайской рекреационной зоне. В 1977 году от заповедника была отчуждена территория г. Теберда, а в 1979 – территория Домбайского комплекса площадью 104 гектара. 27 апреля 1981 года вышло новое Положение о заповедниках, утвержденное Госпланом СССР и Госкомитетом по науке и технике. Оно впервые категорически запретило в заповедниках туризм и все формы отдыха населения. Исключение было сделано для Тебердинского и некоторых других заповедников СССР где туризм, в силу сложившихся исторических и социальных условий ликвидировать было невозможно.

В настоящее время одним из самых перспективных способов щадящего природопользования не только в национальных парках, но и заповедниках становится экологический туризм, совершенно новый для России вид отдыха. Такой туризм, предполагает не только посещение ненарушенных природных территорий, но и изучение их свойств и особенностей, участие в сохранении животного и растительного мира.

Но сложные проблемы взаимоотношений туристской деятельности и охраняемой природной территории на этом не закончились. С началом перестройки и распадом советской империи, затянувшимся экономическим кризисом, туристский поток начал ослабевать, а к 1995 г. практически иссяк, что привело к безработице и падению жизненного уровня местного населения. Военный конфликт в соседней Абхазии, несколько позже – война в Чечне отпугнули и зарубежных туристов. Появились серьезные проблемы и у заповедника, который с целью выживания был вынужден заготавливать деловой лес, что не могло не сказаться на имидже ООПТ, как природоохранной организации. Стало совершенно очевидным, что для нормального функционирования заповедника, сохранения природы Северного Кавказа необходимо принимать меры по возрождению и развитию в этом регионе индустрии устойчивого туризма. Для управления и координации экотуристской деятельности в 1998г. в заповеднике был создан отдел экологического просвещения, которым совместно с Экоцентром «Заповедники» (г. Москва) подготовлена и опубликована (2000г.) «Программа развития экологического просвещения и экотуризма на базе Тебердинского заповедника». Программа заповедника по развитию экотуризма стала первой среди всех ООПТ России и получила положительные отзывы и оценку, что нашло отражение в специальном Постановлении Правительства Карачаево-Черкесской Республики: «О развитии экологического туризма в КЧР», (2001 г).

В настоящее время условия для приема посетителей регламентируются индивидуальным Положением о Тебердинском государственном природном биосферном заповеднике (2005 г.), которым разрешено функционирование Домбайского туристского комплекса, и 15 маршрутов.

Руководство заповедника, хорошо понимая все выгоды от туристской деятельности, предпринимает активные действия для ее возрождения и развития на экологически устойчивой основе. Кроме того, развивая экотуризм, заповедник содействует привлечению в регион международного внимания, инвестиций, частных пожертвований. Распространение получают специализированные «волонтерские» программы, когда российские и зарубежные любители природы целенаправленно совершают поездки, ставящие задачей оказать помощь охраняемой территории в научных исследованиях или природоохранной деятельности.