Охрана подведомственной территории Тебердинского заповедника и Даутского заказника осуществляется комбинированным методом. Вся территория разделена на обходы, которые закреплены за государственными инспекторами в области охраны окружающей среды. Они охраняют обходы, находящиеся по границам территории, с круглосуточным проживанием на кордонах. Кроме того, в учреждении имеются 2 оперативные группы. Их задача – оперативное реагирование на правонарушение режима охраны, а также плановые и внеплановые рейдовые обходы и обследование территории. В начале каждой недели оперативным группам доводится информация о плановом рейде на предстоящую неделю.